Project: Μελέτη ακολουθίας DNA

Γράψτε τις συναρτήσεις όπως περιγράφονται στις επόμενες ασκήσεις. Αφού τις γράψετε, θα τις βάλετε όλες στο ίδιο αρχείο και θα προσθέσετε στον κώδικά σας ένα κύριο πρόγραμμα το οποίο θα χρησιμοποιεί τις συναρτήσεις και θα κάνει μελέτη μίας ακολουθίας DNA. Στον κώδικα θα εισάγετε την DNA και θα την μελετήσετε ως εξής:

  1. ελέγξτε την συχνότητα εμφάνισης κάθε βάσης,
  2. συγκρίνετε δύο ακολουθίες DNA,
  3. κάνετε αντιστοιχία γονιδίων σε πρωτεΐνες,
  4. κάνετε τυχαίες μεταλαγές σε μία ακολουθία DNA.

Ασκήσεις

Άσκηση. Υποθέτουμε δύο ακολουθίες DNA d1 και d1. Γράψτε συνάρτηση compareDNA η οποία θα κατασκευάζει έναν πίνακα οπου στον x άξονα θα είναι η d1 και στον y άξονα θα είναι η d1. Στο σημείο (x,y) του πίνακα θα έχει 1 αν η αντίστοιχες βάσεις είναι ίδιες και 0 αν δεν είναι. ["Illustrating Python via Bioinformatics examples", Sec. 1.6]

Άσκηση. Μετρήστε την συχνότητα με την οποία εμφανίζεται κάθε μία από τις 4 βάσεις ATGC σε μία ακολουθία DNA. ["Illustrating Python via Bioinformatics examples", Sec. 1.7]

Άσκηση. Γράψτε συνάρτηση η οποία κάνει την αντιστοιχία γονιδίων σε πρωτεΐνες. ["Illustrating Python via Bioinformatics examples", Sec. 1.8]

Άσκηση. Γράψτε συνάρτηση η οποία κάνει τυχαίες μεταλαγές σε μία ακολουθία DNA. ["Illustrating Python via Bioinformatics examples", Sec. 1.10]

Βιβλιογραφία